در روش تحقیق و پروپوزال نویسی روانشناسی بالینی دانشجو با مواردی روبرو می شود که باید هر دانشجوی پژوهشگر به آن توجه داشته باشند و بتوانند مسائل مختلف آن را در نظر بگیرند تا یک روند خوبی از آرامش روانی در پروپوزال نویسی احساس شود. انتخاب موضوع جامع و مانع هم از جمله این مسائل قابل اعتناست. هر دانشجوی ارشد و دکتری برای انجام پروپوزال می تواند ارتباط بهتری را با روش تحقیق در حوزه بالینی داشته باشد تا بتواند در نهایت مسائل مهم و کلیدی آن را نیز در نظر داشته باشد.
برای همین منظور نیز گرایش روانشناسی بالینی در امر پروپوزال نویسی چالش های زیادی داشته است. یکی از این چالش ها نحوه برخورد با فرضیه نویسی است. خوب است بدانید که پژوهشگر با مهارت تخصصی می داند که براساس نحوه بیان فرضیه، می توان آن را به دو نوع فرضیه پژوهشی و فرضیه آماری تقسیم کرد. فرضیه پژوهشی حاوی ادعای پژوهشگر و نقیض آن به صورت متن و جمله خبری است. برای آزمون پذیر نمودن فرضیه پژوهشی باید آن را به صورت آماری و با زبان و نمادهای آماری بیان کرد؛ زیرا ابزار بررسی تأیید یا عدم تأیید فرضیه، آمار و آزمون های آماری است.