عملکرد مغز بر مبنای عملکردهای شناختی مشخص می شود و قاعدتا تغییر در عملکرد مغز می تواند بر عملکرد شناختی تأثیر بارزی بگذارد. بیمارانی که آسیب های مغزی دیده اند، ممکن است یکی از زمینه های اصلی فعالیت های شناختی را نیز به طور قابل توجهی از دست بدهند.
اما استفاده از روش های سطح بالای دانش شناختی می تواند برخی از این آسیب ها را تعدیل کند و در واقع استفاده از این وضعیت این امکان را فراهم می کند که از توانایی های موجود بتوان برای انجام دادن فعالیت های شناختی استفاده کرد.
اگر بخشی از حافظه تحت تأثیر قرار گیرد، این امکان وجود دارد که در اشکال مختلف حافظه طولانی مدت جدید، اشکال به وجود آید. گاهی جراحی روی قسمت هیپوکامپ ممکن است بخش هایی از حافظه را قويا تحت تأثیر قرار بدهد و به نحو بارزی حافظه کوتاه مدت و بلند مدت را در هم ترکیب کند، به نحوی که تمایز بین این دو حافظه در خصوص تشخیص قطعات اطلاعاتی مشکل شود، این مسئله تنها بخشی از اشکالات موجود را مطرح می کند.
در اختلالات روان شناختی نیز این امکان وجود دارد که نشانگان و علایم شناختی در مغز تغییر یابد و همین تغییر می تواند روی عملکرد مغز نیز تأثیر بگذارد. این وضعیت ارتباط بین اختلالات روان شناختی و مغز را نشان می دهد.
براساس نظریه بک، ضعف در فعالیت های شناختی و تضعیف آن می تواند منجر به افسردگی و فوبيا شود و همین مسئله قادر است فعالیت های طبیعی تحلیل های چنین افرادی را به مخاطره بیندازد و بیماری را در آن ها توسعه دهد. در برخی از اختلالات از قبیل اسکیزوفرنيا و اختلال استرس پس از ضربه (PTSD) به نظر می رسد که علایم شناختی به واسطه تغییر در عملکردهای مغز به وجود می آید.
به هر حال دیدگاه شناختی برای بعضی از اختلالات ممکن است قابل توجیه باشد و برای بعضی از اختلالات از قبیل اسکیزوفرنيا قاعدتا نمی تواند مسئله اصلی باشد، بلکه باید به دنبال توجیهات دیگری از قبیل تغییرات مغزی و سلولی گشت.
در هر حال یکی از قوت های نظریه شناختی این است که بیان می کند ارتباط نزدیکی بین وضعیت شناختی فرد و ساختارهای مغزی او در همه بیماری ها قابل توجیه است. براساس این دیدگاه (اسكات و استاردلینگ ، ۲۰۰۱) توانستند یک مدل توسعه یافته از عصب روان شناختی شناختی را برای PTSD مطرح کنند.
